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江西省疾病预防控制中心结核分枝杆菌基因组测序服务采购公告(JF-20250228)

正文内容

***********结核分枝杆菌基因组测序服务采购公告(JF-********) 一、项目名称及内容 (一)项目编号:JF-******** (二)项目名称:***********结核分枝杆菌基因组测序服务采购公告 (三)项目地点:**省*** (四)项目内容:采购数量及参数见附件 (五)预算价格:*****元人民币 (六)评价办法:在本次采购全部满足采购方要求下所报最低报价者为拟中标人。 二、投标人资格条件: (一)具有独立承担民事责任的能力; (二)具有良好的商业信誉和健全的财务会计制度; (三)具有履行合同所必须的货物和专业技术能力; (四)有依法缴纳税收和社会保障资金的良好记录; (五)在经营活动中没有重大违法记录; 三、投标人投标文件须提供 (一)报价单 (二)营业执照复印件,加盖单位公章 以上资料密封后,在启封口加盖单位公章并标明项目编号递交。 四、响应文件提交截止时间 ****年*月**日**:**时(**时间)。 五、联系方式 ***********药品科 联系人:赵汉斌 联系电话:****-******** 详细地址:**省*****东路***号 ****年**月**日 序号 名称 规格 型号 购置 数量 技术要求 交货日期 用途 计划资金 (万元) * 结核分枝杆菌全基因组测序 例 ***例 详见参数 补充表 ****.* 疫情处置; 耐药监测 *.** 计划资金合计:*.**万元 结核分枝杆菌全基因组测序项目参数补充表 结核分枝杆菌全基因组测序项目参数 *、测序服务内容 (*)样本提取:取灭活结核分枝杆菌菌液进行超声分散。采用改良版CTAB法提取DNA。 (*)样本质检:Agilent ****完整性检测,对样本是否满足建库测序要求进行判定。 (*)测序目标:结核分枝杆菌全基因组测序 (*)测序平台:二代Illumina测序平台或华大T*平台 (*)测序长度:PE*** (*)测序深度:平均***X (*)文库类型:微生物小片段文库 (*)数据质量:在样本合格的情况下,平均Q**≥**% (*)数据产量:* G Raw Data *、生信分析服务内容 (*)低质量序列过滤、接头(adapter)序列去除:原始数据(Raw Data)进行去除接头和低质量read的处理,得到有效数据(Clean Data)。 (*)参考序列比对:将Clean Data比对到结核分支杆菌参考基因组H**Rv(NC_******.*)进行测序深度和覆盖度的统计。 (*)变异检测:鉴定突变位点,对突变进行注释,获得目标基因组对于参考基因组的SNP、InDel等一系列变异信息。 (*)遗传距离分析:根据每个菌株的突变位点生成突变矩阵,根据突变矩阵生成菌株间SNP距离矩阵。 (*)耐药分析:谱系及耐药突变分析结果。耐药突变频率结果。补偿性突变结果。耐药报告结果。包括:异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氟喹诺酮、氨基糖苷类、阿米卡星、卡那霉素、卷曲霉素、乙硫异烟胺、对氨基水杨酸、环丝氨酸、利奈唑胺、贝达喹啉、氯法齐明、德拉马尼**种药物。 进化树构建:通过与结核分枝杆菌参考基因组H**Rv(NC_******.*)进行比对,构建进化树,图形化显示耐药表型。

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